（1）網(wǎng)站地圖和網(wǎng)站導航在表現(xiàn)形式上的差異。網(wǎng)站導航表現(xiàn)為網(wǎng)站的欄目菜單設置、輔助菜單、其他在線幫助等形式，而網(wǎng)站地圖表現(xiàn)為一個表明了欄目結(jié)構(gòu)并且設置了相應鏈接的一個網(wǎng)頁。網(wǎng)站導航設置是在網(wǎng)站欄目結(jié)構(gòu)的基礎上，進一步為用戶瀏覽網(wǎng)站提供的提示系統(tǒng)，由于各個網(wǎng)站設計并沒有統(tǒng)一的標準，不僅菜單設置各不相同，打開網(wǎng)頁的方式也有區(qū)別，有些是在同一窗口打開新網(wǎng)頁，有些在新打開一個瀏覽器窗口，因此僅有網(wǎng)站欄目菜單有時會讓用戶在瀏覽網(wǎng)頁過程中迷失方向，如無法回到首頁或者上一級頁面等，還需要輔助性的導航來幫助用戶方便地使用網(wǎng)站信息。

（2）網(wǎng)站地圖和網(wǎng)站導航的聯(lián)系。兩者之間的作用和目的是一致的，而且并不是互相獨立的，網(wǎng)站地圖通常是一個網(wǎng)頁，網(wǎng)站導航則是一個系統(tǒng)，網(wǎng)站地圖也屬于網(wǎng)站導航系統(tǒng)的一部分，只不過由于其特殊的作用而給予特別的重視。

（3）網(wǎng)站地圖和網(wǎng)站導航在功能方面的差異。網(wǎng)站導航的基本作用是讓用戶在瀏覽網(wǎng)站過程中不至迷失，并且可以方便地回到網(wǎng)站首頁以及其他相關內(nèi)容的頁面；而網(wǎng)站地圖的基本作用是讓瀏覽者可以對網(wǎng)站整體框架有快速的了解，并且可以通過網(wǎng)站地圖中各個欄目的鏈接直接進入相應的欄目，一個設置規(guī)范的網(wǎng)站地圖還有另外一項重要作用，就是為搜索引擎檢索網(wǎng)站內(nèi)容提供方便，增加網(wǎng)站在搜索引擎中的排名優(yōu)勢。也就是說，網(wǎng)站地圖既要給訪問者看，也要給搜索引擎“看”，有時后者更重要，網(wǎng)站導航則主要是為用戶獲取信息和服務提供方便，因此在設計方面，網(wǎng)站地圖要考慮到搜索引擎收錄網(wǎng)頁的特點，而網(wǎng)站導航主要考慮用戶訪問網(wǎng)站的習慣。